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Objectif Végétal : une dynamique partenariale

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    Les projets défis scientifiques

    14 projets de recherche ont été soutenus en 2014 et 2015, en réponse aux deux premiers appels à projets « défis scientifiques » d’OBJECTIF VEGETAL, pour un montant de 1,2 M€  toutes aides confondues (Région, ALM, Université d’Angers, INRA, AgrocampusOuest).

    Le document ci-joint présente de manière succincte, par axe de recherche, le contexte, les objectifs des projets et la méthodologie.

    Télécharger la présentation synthétique des 14 projets sélectionnés

    10 nouveaux projets ont été sélectionnés en 2016 pour un montant de 0,9 M € (toutes aides confondues).

    Télécharger le fichier «Projets défis scientifiques 2016 RFI Objectif Végétal".

    Les projets développement méthodologique

    ANANdb

    Le projet est ciblé dans un premier temps sur la transcritomique. Il est mis en place par  l’équipe de bio-informatique. Il a pour but de créer un outil informatique permettant d’avoir un suivi des projets, des échantillons, des réactifs et des données sur les expériences de transcriptomique. L’idée étant d’appliquer ultérieurement cet outil aux projets de séquençage.

    Trans-Noeuds

    Le projet est un projet de RNAseq sur le rosier qui permettra de tester ce type d’approche sur notre appareil de séquençage, de tester les kits de préparation de librairies RNAseq, ainsi que de valider le mode opératoire quant à la profondeur attendue des résultats pour le multiplexage de plusieurs échantillons sur une même cellule.

    Germination – lumière ou Germ-Lux

    Le projet a pour objectif de tester sur les bancs de germination, la réponse génotypique à la lumière au cours de la germination et du début d’allongement de l’axe embryonnaire de Medicago truncatula, une espèce dont ces étapes se déroulent normalement à l’obscurité. Pour cela des éclairages discontinus lors des prises de vues en lumière verte et blanche seront comparé à des essais réalisés à l’obscurité totale. L’interaction entre l’effet de la lumière et de la température sera étudiée en conduisant les mêmes expérimentations en conditions froides et en condition de température optimale pour la germination de l’espèce.

    PhenAlter

    Le projet a pour objectif de quantifier l’impact de diverses souches et de mutants d’A. brassissicola sur feuilles de chou. L’évolution spatio-temporelle des symptômes sera modélisée, en utilisant un modèle développé par Belin et al.1 (soumis). Un phénotype d’hyperfluorescence a été observé en marge des symptômes d’A. brassissicola. Un nouvel algorithme sera développé pour quantifier cette hyperfluorescence en réponse à la souche sauvage et divers mutants d’A. brassissicola. A terme, les méthodes automatisées d’analyse d’images développées dans le cadre de PhenAlter seront rendues disponibles sur www.phenoplant.org. Un objectif serait ensuite de constituer une banque d’images de symptômes en collaboration avec différentes équipes de phytopathologistes en France. Une telle banque pourrait constituer un socle solide pour le développement de stratégies de méta-analyses d’images de tissus foliaires présentant des symptômes.

    EPICENTER

    La prise en compte des facteurs épigénétiques dans les interactions plantes-bio-agresseurs est depuis peu en développement au sein de la SFR QUASAV et a donné lieu en septembre 2014 au lancement du projet EPICENTER et à la création d’une équipe de recherche internationale autour du Dr. Etienne Bucher (F/CH) dans le cadre de l’appel à projets international CONNECT-TALENT.

    Le projet EPICENTER est un projet pluridisciplinaire qui vise à identifier et caractériser les mécanismes de régulations épigénétiques impliqués dans les processus relatifs à la qualité et à la résistance aux maladies chez les rosacées (pommier et rosier).

    Les études conduites sur les plantes annuelles, notamment la plante modèle Arabidopsis thaliana, ont permis de montrer le rôle déterminant des mécanismes de régulations de type épigénétique dans les stratégies adaptatives et du développement des plantes. Toutefois, les connaissances sur l’importance de ces mécanismes dans les plantes pérennes sont parcellaires, probablement liés à la complexité de leur physiologie (i.e. cycles pluriannuels…) et à la difficulté de développer des outils de génomique fonctionnelle et d’obtenir des mutants appropriés. Le projet EPICENTER s’articule autour de quatre principaux objectifs :

    1. Comprendre le rôle des mécanismes de régulation épigénétique dans le développement du pommier, un modèle d’étude partagé par plusieurs équipes de recherche de l’IRHS (Fruit-Qual, Respom) et pour lequel aussi bien la séquence du génome que les outils de la génomique fonctionnelle sont disponibles ;
    2. Evaluer le degré de la variation naturelle de différents mécanismes de l’épigénétique durant le cycle annuel du pommier ;
    3. Identifier les mécanismes épigénétiques impliqués spécifiquement dans les processus d’infection et de potentialisation des mécanismes de défense chez le pommier ;
    4.  Evaluer la possibilité de développer des marqueurs épigénétiques pour assister la sélection et donc la création variétales avec des critères d’intérêt.

    Le projet EPICENTER a également pour ambition d’établir des collaborations interdisciplinaires au sein même de la SFR QUASAV et avec des équipes de recherche de la SFR santé.

    Pour en savoir plus